2013年，因指刘菊花硕士论文造假，60岁的中国科学院植物研究所研究员付德志成为被告。这场始于2011年的风波至今没有平息，有网文言之凿凿“据分析，刘菊花论文80%为抄袭”，在无数寄望方舟子大义灭亲打假的注视下，他选择为妻子辩护。也正是从这天开始，这位打假者每天都要面对同样的问题：你打假为什么有双重标准？

　　记者：我想跟您做一个假设，如果她不是您的爱人，把她的学术成果放到您的面前，您能挑出问题吗？

　　方舟子：要挑的话看用什么标准，她主要是引用的问题，那篇论文后面也有80篇文献拿去引用别人的东西，摘录下来就不做改写了。按现在的标准这是不妥的，但是在十年前是没有这些要求的，那个时候大家觉得用别人的东西只要注明出处就可以了，不能说用现在的标准来看当时的学生的标准。

　　记者：以您在学术打假这方面的经验，实际上你已经具备了比较灵活的去运用这个标准的能力，也就是说在应用到不同人身上的时候这个尺度是会有一些差别的。

　　方舟子：是会有，所以他们一直说我选择性打假，本来就是应该选择性的打假，那么多我怎么可能什么事都管？我只是业余的尽力在做。我当然指的是找那些我认为比较严重，或者我觉得有意思的、感兴趣的，他们老说你不去打你老婆的假，所以你就是选择性的打假，是双重标准。首先我不认为老婆的假值得打，类似的什么没发表的说是学术论文，这个我们从来是不打的，即使是说真的是假的话，那么我也有回避的权利。

　　方舟子说，联署敦促社科院调查刘菊花论文的156人，大都被他打过假。他因此对妻子满怀歉意。

　　方舟子：揭露了一些人，因此连累到家人，这是我觉得比较内疚的一件事，他们攻击我，我无所谓，但是攻击我的家人、甚至攻击我的小孩，我怕连累了他们，他们本来可以过比较安宁的生活。